El gobierno federal necesita tierras para derechos de vía y estaciones, y para los desarrollos inmobiliarios que se edificarán alrededor de cada estación. Fonatur dijo en julio pasado, que la consulta indígena sobre la obra se llevaría a cabo a más tardar este mes de octubre; no obstante, no se ha realizado. Rogelio Jiménez Pons, Director del Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur), informó que las negociaciones con dueños de ejidos cercanos a las vías del Tren Maya se han complicado en los últimos meses, por lo que han aplazado tiempos en el avance de la construcción, informó Obras, portal especializado en construcción. Jiménez Pons también confirmó la solicitud de las 1,000 hectáreas al ejido de Bacalar , pero no como expropiación, sin como asociación bajo la Fibra (fideicomiso de inversión en bienes raíces) del Tren Maya, a través de la cual los ejidatarios rentarían sus terrenos a quienes inviertan en los desarrollos inmobiliarios. Además, la organización civil Salva la Selva exige que en una petición que el Tren Maya no debe atravesar las reservas de la biosfera, amenazadas ya por plantaciones industriales, incendios forestales, tala y tráfico ilegal de especies.
Petición: Tren Maya arrasará la selva en México. Más información: Se atora la negociación de tierra para el Tren Maya en el ejido de Bacalar, El Tren Maya va porque va, llueva, truene o relampaguee: AMLO y Incertidumbre de campechanos ante reubicación por Tren Maya
