A partir del año 1995 a raíz del inicio del proceso de distribución de mayores recursos a los municipios, los cambios a la legislación federal, estatal y municipal, los municipios contaron con mayores facultades, recursos financieros, pero también se enfrentaron a mayores responsabilidades ante la ciudadanía. Las autoridades municipales y las autoridades locales (agentes municipales) se enfrentaron también a mayores responsabilidades, por lo que muchos recurrieron a la búsqueda de asesoría y capacitación para enfrentar los nuevos retos que se les presentaron.

En el año 1999 el proyecto de la Escuela Municipalista de Oaxaca fue promovido inicialmente por cuatro organismos civiles -CAMPO, CESEM, EDUCA Y UCIZONI- que buscaron la vinculación interinstitucional para la implementación de un espacio de capacitación y articulación que respondiera a las necesidades de los municipios y comunidades donde las organizaciones tenían presencia. Además desde el inicio siempre se definió que la escuela tendría una perspectiva desde lo indígena.

El proyecto de la Escuela fue la respuesta a las demandas de capacitación en el tema municipal por parte de autoridades, organizaciones, organismos civiles y ciudadanos de diferentes municipios y regiones del Estado de Oaxaca.

Actualmente la Escuela sigue funcionando con una coordinación colectiva integrada por 4 organizaciones sociales con presencia territorial en el estado de Oaxaca, México. Los organismos son Centro de Apoyo al Movimiento Popular de Oaxaca CAMPO, Centro de Servicios Municipales "Heriberto Jara" CESEM, Servicios para una Educación Alternativa EDUCA y Tequio Jurídico.